De agenten gaven helemaal niets om Neo. Ze hadden geen idee dat hij de grote held zou worden, waarschijnlijk omdat ze nog nooit naar de film zijn geweest en niet wisten wie Keanu Reeves was.

De agenten wilden Morpheus alleen vinden zodat ze dat konden verkrijg de toegangscodes tot het Zion-mainframe. Ze wisten dat Morpheus op zoek was naar Neo, dus hoopten ze het nieuwe kind te rekruteren om Cipher te helpen de andere vrije mensen te verraden.

Tot dat moment werd Neo gevolgd door de agenten. Het was dus vermoedelijk in hun belang om hem interactie te laten hebben met Morpeus en Trinity.

Als The Matrix werd opgevat als een op zichzelf staande film, dan lijkt het een plotgat, waarom zou je dan niet voorzichtig zijn en mensen doden die een risico lijken te vormen? Er wordt echter meer ontdekt over "The One" wanneer Neo de architect ontmoet in The Matrix Reloaded

Spoiler:

Het doel van de Ene is om terug te keren naar de Bron en de Matrix terug te zetten naar zijn hoofdprogramma. Daarna zal hij zestien vrouwtjes en zeven mannetjes uitkiezen om Zion opnieuw te bevolken en een nieuwe ronde mensen te voorzien voor de "rebellie".

Uw vraag wordt beantwoord in de film van Morpheous. Nadat hij wakker wordt in zijn huis, belt Morpheus hem en zegt tegen hem: "Als ze wisten wat ik weet, zou je waarschijnlijk dood zijn."

In de derde opmerking wordt vermeld dat het vreemd is waarom ze doden geen bedreiging. In eerste instantie denk ik dat ze geen persoon willen doden die hen naar de legendarische Morpheus zou kunnen leiden (zoals Angus zei in de eerste opmerking) en ten tweede willen ze geen batterij doden!